如何在Debian 10上安装R.

R是一种开源编程语言,广泛用于开发统计软件,执行数据分析和可视化。 R为特定的研究领域提供了许多用户生成的软件包,这使其适用于许多领域。在本教程中,我们将......

介绍

R是一种开源编程语言,广泛用于开发统计软件,执行数据分析和可视化。 R为特定的研究领域提供了许多用户生成的软件包,这使其适用于许多领域。

在本教程中,我们将安装R并演示如何从官方的Comprehensive R Archive Network(CRAN)添加软件包。

先决条件

要继续学习本教程,您将需要一台Debian 10服务器:

  • 至少 1GB的RAM
  • 具有sudo权限的非root用户

要了解如何实现此设置,请按照我们的Debian 10初始服务器设置指南进行操作

一旦满足这些先决条件,您就可以开始了。

第1步 - 安装依赖项

由于R是一个快速移动的项目,Debian的存储库并不总是提供最新的稳定版本,因此我们需要添加由CRAN维护的外部存储库。 为此,我们需要为Debian 10云图像安装一些依赖项。

要执行管理和下载证书的网络操作,我们需要安装dirmngr以便我们可以添加外部存储库。

sudo apt install dirmngr --install-recommends

要向Debian添加PPA引用,我们需要使用add-apt-repository命令。 对于此命令可能不可用的安装,您可以通过安装software-properties-common将此实用程序添加到系统中:

sudo apt install software-properties-common

最后,为了确保我们对安全协议有HTTPS支持,我们将安装以下工具:

sudo apt install apt-transport-https

有了这些依赖关系,我们就可以安装R.

第2步 - 安装R.

对于最新版本的R,我们将从CRAN存储库进行安装。

注意: CRAN在其网络中维护存储库,但并非所有外部存储库都是可靠的。 请务必仅从受信任的来源安装。

我们先添加相关的GPG密钥。

sudo apt-key adv --keyserver keys.gnupg.net --recv-key 'E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF'

当我们运行命令时,我们将收到以下输出:

Executing: /tmp/apt-key-gpghome.y6W4E0Gtfp/gpg.1.sh --keyserver keys.gnupg.net --recv-key E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF
gpg: key AD5F960A256A04AF: 4 signatures not checked due to missing keys
gpg: key AD5F960A256A04AF: public key "Johannes Ranke (Wissenschaftlicher Berater) <johannes.ranke@jrwb.de>" imported
gpg: Total number processed: 1
gpg:               imported: 1

获得可信密钥后,我们就可以添加存储库。 请注意,如果您不使用Debian 10(Buster),您可以查看支持的R Project Debian分支 ,以每个版本命名。

sudo add-apt-repository 'deb http://<favourite-cran-mirror>/bin/linux/debian buster-cran35/'

现在,我们需要在此之后运行update ,以便包含新存储库中的包清单。

sudo apt update

一旦完成运行并且您返回到提示符,我们就可以使用以下命令安装R.

sudo apt install r-base

如果提示确认安装,请按y继续。

截至撰写本文时,CRAN的最新稳定版本R为3.5.2,当您启动R时会显示。

由于我们计划为系统中的每个用户安装一个示例包,我们将以root身份启动R,以便所有用户可以自动使用这些库。 或者,如果您在没有sudo情况下运行R命令,则可以为您的用户设置个人库。

sudo -i R

R version 3.5.2 (2018-12-20) -- "Eggshell Igloo"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

  Natural language support but running in an English locale

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

>

这证实我们已经成功安装了R并进入了它的交互式shell。

第3步 - 从CRAN安装R软件包

R的优势之一在于其可用的附加包装的丰富程度。 出于演示目的,我们将安装txtplot ,这是一个输出ASCII图形的库,包括散点图,线图,密度图,acf和条形图:

install.packages('txtplot')

注意:以下输出显示了软件包的安装位置。

...
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
. . .

这个站点范围的路径是可用的,因为我们以root身份运行R. 这是使所有用户都可以使用该程序包的正确位置。

安装完成后,我们可以加载txtplot

library('txtplot')

如果没有错误消息,则表示库已成功加载。 现在让我们使用一个示例来演示它,该示例演示了带有轴标签的基本绘图功能。 由R的datasets包提供的示例数据包含基于20世纪20年代数据的汽车速度和停止所需的距离

txtplot(cars[,1], cars[,2], xlab = 'speed', ylab = 'distance')
      +----+-----------+------------+-----------+-----------+--+
  120 +                                                   *    +
      |                                                        |
d 100 +                                                   *    +
i     |                                    *                *  |
s  80 +                          *         *                   +
t     |                                       * *    *    *    |
a  60 +                          *  *      *    *      *       +
n     |                        *         * *  * *              |
c  40 +                *       * *    *  *    * *              +
e     |         *      *  * *  * *  *                          |
   20 +           *    *  * *       *                          +
      |  *      *    *                                         |
    0 +----+-----------+------------+-----------+-----------+--+
           5          10           15          20          25   
                                speed       

如果您有兴趣了解有关txtplot更多信息,请使用R解释器中的help(txtplot)

可以使用install.packages()从CRAN安装任何预编译的软件包。 要了解有关可用内容的更多信息,您可以通过“ 按名称列出可用CRAN包”列表找到按名称组织的官方软件包列表

要退出R,可以键入q() 除非您想保存工作区图像,否则可以按n

结论

在服务器上成功安装R之后,您可能会对安装RStudio Server的本指南感兴趣,以便将IDE引入刚刚完成的基于服务器的部署。 您还可以学习如何设置Shiny服务器以将R代码转换为交互式网页。

有关如何通过利用不同工具安装R软件包的更多信息,您可以阅读有关如何直接从GitHub,BitBucket或其他位置安装的信息 这将使您可以利用活跃社区的最新工作。